文部科学省 科学研究費補助金「新学術領域研究」平成24年度〜28年度

活動状況

2016-12-13

班会議・シンポジウム

締め切り再延長しました!冬の若手ワークショップ2017 のお知らせ

盛会のうちに終了しました。ご参加いただいた皆様に厚く御礼申し上げます。

恒例となりました「冬の若手ワークショップ」を転写研究会と新学術領域「転写サイクル」の合同で開催する時期が近づいて参りました。つきましては詳細をご案内させていただきます。

〜〜〜冬の若手ワークショップ2017 開催要領〜〜〜

日程:2017年1月30日 (月) 午後2時から2月1日 (水) 午前まで
   以下のプログラム案をご覧ください。
場所:一宮シーサイドオーツカ
   〒299-4301 千葉県長生郡一宮町一宮10000番地
   http://www.seaside-otsuka.com/
主催:転写研究会
   文部科学省科研費 新学術領域「転写サイクル」

費用:23,000円
   (内訳 宿泊費11,500円×2泊、二日目昼食を含む)
   *全日程参加できない場合、お申し出に基づき減額いたします。

プログラム案:
   1日目・1月30日 (月)
   15:00ー17:30 口頭発表
   18:00ー19:00 夕食
   19:30ー21:00 口頭発表

   2日目・1月31日 (火)
   07:30ー09:00 朝食
   09:00ー12:00 口頭発表
   12:00ー13:00 昼食
   13:00ー15:00 口頭発表
   15:00ー18:00 ポスター発表
   18:30ー20:30 懇親会

   3日目・2月1日 (水)
   07:30ー09:00 朝食
   09:00ー11:00 総合討論

問い合わせ先:transcriptioncycle3@gmail.com


参加登録:参加を希望される方は、以下のリンク先より1名ずつご登録ください。

    参加登録期限 2017年1月6日 (金) 正午?20日(金) 延長しました!

    フォームに記入

発表要旨:発表を希望される方は参加登録後、要旨見本.docに従って要旨を作成し、

     以下の問い合わせ先に添付ファイルでお送りください。
     要旨送付期限 2017年1月20日 (金)
*本ワークショップは若手主体の会です。学生や若手研究者の積極的な参加と発表を
 是非ともお願いいたします。


問い合わせ先:冬の若手ワークショップ2017事務局

       transcriptioncycle3@gmail.com

2016-11-18

班会議・シンポジウム

「転写サイクル」セミナーのお知らせ

東京医科歯科大学において以下の要領でセミナーを開催いたします。ご都合のつく方は奮ってご参加ください。

日 時:12月5日(月)17:00〜18:00

会 場:東京医科歯科大学 M&Dタワー23階 セミナー室2

演題1:Role of PARP-1 in Gene Expression: Functional Links Between
PARP-1, ADP-ribosylation, NELF, and Transcriptional Elongation.
演 者:W. Lee Kraus (UT Southwestern Medical Center, Dallas)

演題2:ヒストンH2Aのリン酸化はサイクリンD1発現を促進し癌化を引き起こす
演 者:伊藤敬 (長崎大学医学部生化学)

ホスト:浅原 弘嗣 教授 (東京医科歯科大学 大学院医歯学総合研究科)

2016-11-14

班会議・シンポジウム

The International Conference on Transcription Cycle 2016開催のお知らせ

転写サイクル国際シンポジウムを以下の要領で開催いたします。場所は東大本郷キャンパスの小柴ホールです (東京メトロ千代田線根津駅、南北線東大前駅、丸ノ内線本郷三丁目駅、都営地下鉄大江戸線本郷三丁目駅より徒歩圏内)。多数の皆さまのご来場をお待ち申し上げております。


The International Conference on Transcription Cycle 2016

Saturday, Dec. 3, 2016
1:00 pm to 6:00 pm
University of Tokyo, Koshiba Hall
A walking distance from Nezu, Todaimae, and Hongo-sanchome Stations.
Free of charge. Registration not required.

2016年12月3日(土)
13:00-18:00
東京大学理学部小柴ホール (千代田線根津駅、南北線東大前駅、丸ノ内線・大江戸線本郷三丁目駅より徒歩圏内)
参加無料・申し込み不要

SPEAKERS
Peter B. Becker (Ludwig-Maximilian-University, Germany)
Hodaka Fujii (Osaka University, Japan)
Susumu Hirose (National Institute of Genetics, Japan)
W. Lee Kraus (University of Texas Southwestern Medical Center, USA)
Shinya Takahata (Hokkaido University, Japan)
Tomohiko Tamura (Yokohama City University, Japan)
Laszlo Tora (institut de Génétique et de Biologie Moléculaire et Cellulaire, France)

PROGRAM
13:00-13:05 Yuki Yamaguchi - Opening remarks
13:05-13:50 Peter B. Becker - Chromosome-wide fine-tuning of transcription during dosage compensation in Drosophila
13:50-14:20 Tomohiko Tamura - Transcription factor IRF8 governs enhancer landscape dynamics in the development of mononuclear phagocytes
14:20-15:05 Laszlo Tora - The role of co-activator complexes in regulating RNA polymerase II transcription
15:05-15:35 Hodaka Fujii - Biochemical analysis of genome functions using locus-specific chromatin immunoprecipitation technologies: iChIP and enChIP

15:35-15:50 Coffee Break

15:50-16:20 Shinya Takahata - HP1 and FACT cooperatively regulate global gene expression
16:20-17:05 William Lee Kraus - Role of PARP-1 in gene expression: functional links between PARP-1, ADP-ribosylation, NELF, and transcriptional elongation
17:05-17:50 Susumu Hirose - Roles of FACT and PBAP remodeling factor in histone H3.3 replacement at chromatin boundaries

主催: 文科省科研費 新学術領域研究「転写サイクル」
代表: 山口雄輝(東京工業大学生命理工学院)
会議担当: 伊藤敬、大熊芳明(長崎大学医学部生化学)
Tel: 095-819-7037 Email: tito@nagasaki-u.ac.jp

2016-11-04

班会議・シンポジウム

「転写サイクル」セミナーのお知らせ

以下の要領でPeter B. Becker博士のセミナーを開催いたします。くわしくは以下のちらし (PDF) をご覧ください。

日 時:2016年12月5日 (月) 16:00〜17:00
場 所:大阪大学 吹田キャンパス
    微生物病研究所 本館1階微研ホール
講演者:Prof. Peter B. Becker
    (Ludwig-Maximilians-University, Biomedical Center Munich)
テーマ:Marking the X chromosome for global transcription regulation
ホスト:藤井穂高 准教授 (大阪大学 微生物病研究所)

問い合わせ先:感染症学免疫学融合プログラム推進室
       (suishin@biken.osaka-u.ac.jp)

161205セミナー.pdf

2016-08-18

論文掲載

新しい論文が掲載されました

田村智彦教授(計画班員・横浜市立大学)らの転写因子IRF5の機能に関する新しい研究成果が、Immunityに掲載されました。研究内容についてはプレスリリース「自然免疫の過剰な反応を防ぐ新たなしくみを発見し、その破綻と自己免疫疾患の関わりを解明!」をご覧ください。

2016-07-31

論文掲載

新しい論文が掲載されました

藤井穂高准教授(公募班員・大阪大学)らによる、アリル特異的ゲノム編集及びenChIP解析に関する論文がScientific Reportsに掲載されました。

Allele-specific locus binding and genome editing by CRISPR at the p16INK4a locus

2016-07-13

班会議・シンポジウム

転写サイクル班会議 2016(松島)参加登録のご案内

関係各位

新学術「転写サイクル」領域の班会議を以下の要領にて開催いたします。

日  程:2016年9月5日(月)午後から9月7日(水)午前まで(2泊3日)
場  所:松島一の坊(宮城県宮城郡松島町)
参加登録〆切:7/29(金)
要旨提出〆切:8/12(金)

班員の皆さまには口頭発表をお願いいたします。

班友や連携研究者にご出席、ご発表いただける場合、スケジュールが許せば口頭発表にまわっていただきます。若手育成の重要な機会ですので、班員の研究室メ ンバーのご同道とポスター発表を是非お願いいたします。

発表言語は原則、日本語といたします。スライドやポスターの言語は特に定めません。

〜〜〜〜転写サイクル班会議 2016 開催要領〜〜〜〜

日  程:2016年9月5日(月)午後から9月7日(水)午前まで(2泊3日)

場  所:松島一の坊 宮城県宮城郡松島町高城字浜1-4
TEL: 022-353-3333
http://www.ichinobo.com/matsushima/

参加費:教授・准教授  32,000円
    その他スタッフ 27,000円
    学生      26,000円
*2泊3日の宿泊・食事を含んでいます。
*一部しか参加できない方については、お申し出に基づき減額いたします。
*当日、受付にてお支払い下さい。
*なお、直前のキャンセルの場合は、キャンセル料を申し受ける場合があります。

プログラム概要:
発表は口頭発表かポスターのいずれかです。口頭発表は1人あたり20分(質疑応答を含む)程度を予定しています。
プログラム案は以下の通りですが、変更の可能性があります。

◎ 1日目・9月5日(月)
  14:00〜18:20 口頭発表
  18:30〜19:30 夕食
  19:30〜21:00 口頭発表
  ホテル泊

◎ 2日目・9月6日(火)
  07:00〜09:00 朝食
  09:00〜12:00 口頭発表
  12:00〜13:00 昼食 (別室で総括班会議)
  13:00〜17:00 口頭発表
  18:00〜23:00 食事会、意見交換会+ポスター発表
  ホテル泊

◎ 3日目・9月7日(水)
  07:00〜09:00 朝食
  09:00〜11:00 総合討論
  解散

宿泊・設備等:
ホテルの部屋数の都合上、相部屋での宿泊を基本としております。
部屋タイプで特にご要望がある場合はお知らせください。
相応の追加料金が生じますが、できる限り対応させて頂きます。

交通アクセス:
JR仙台駅からJR東北本線「松島駅」まで約25分
「松島駅」から無料送迎バスで4分、または徒歩10分。
あるいは
JR仙台駅からJR仙石線「松島海岸駅」まで約35分
「松島海岸駅」から無料送迎バスで8分、または徒歩20分。

*航空機利用の場合は、仙台空港から鉄道(アクセス線)でJR仙台駅まで25分(快速17分)
*詳細はホテルのHPをご覧下さい。
http://www.ichinobo.com/matsushima/access/

参加登録:
参加を希望される方は、このリンクより一名ずつご登録ください
(参加登録期限:2016年7月29日)
参加申し込みは締め切りました。多数の参加登録ありがとうございました。

発表要旨:
発表される方は「転写サイクル要旨見本.docx」に従って要旨を作成し、PDFファイルに変換したものをメールに添付して、以下のアドレスに8/12(金)までにお送り下さい。

要旨送付・お問い合わせ先:
transcriptioncycle2@gmail.com

以上、よろしくお願い申し上げます。

新学術領域研究班 代表 山口 雄輝
班会議担当 原田 昌彦、十川 久美子

2016-05-14

班会議・シンポジウム

転写サイクル班会議 2016(松島)開催のお知らせ

新学術領域研究「転写サイクル」班関係者の皆様

日頃より班員の皆様には転写サイクル班の運営にご協力いただき、心より御礼申 し上げます。 2016年度の転写サイクル班会議を、以下のとおり開催いたします。

-------------開催概要-----------------------------

日程:2016年9月5日(月) 午後2時開会(午後1時受付開始)
   2016年9月7日(水) 午前まで(予定)
※昨年度の班会議日程と、ほぼ同様です。

会場:松島一の坊
   宮城県宮城郡松島町高城字浜1-4
   TEL: 022-353-3333
   http://www.ichinobo.com/matsushima/

交通アクセス:JR仙台駅からJR東北本線「松島駅」まで約25分
   「松島駅」から無料送迎バスで4分。徒歩10分。
*航空機利用の場合は、仙台空港から鉄道(アクセス線)でJR仙台駅まで25分(快 速17分)
*詳細はホテルのHPをご覧下さい。
   http://www.ichinobo.com/matsushima/access/

---------------------------------------------------

つきましては、転写サイクル班関係者の方々にはご参加をよろしくお願いいたします。また、共同研究者として参画されているスタッフや学生の方々につきましても、積極的なご参加をどうぞよろしくお願いいたします。参加登録およびご発表要旨の提出等につきましては、後日、転写サイクル班ホームページ、メールな どでお知らせして参ります。

新学術領域研究班 代表 山口 雄輝
班会議担当 原田 昌彦、十川 久美子

2016-02-15

班会議・シンポジウム

冬の若手ワークショップ2016 開催報告

2月4日 (木)から2月6日 (土)まで、雪が多く残る山中湖畔のホテル清渓において冬の若手ワークショップ2016を開催しました。本ワークショップは転写研究会、新学術領域「転写代謝システム」、そして本領域の三者が合同開催するもので、領域の枠を超えて情報交換を行う絶好の機会となっています。今回の参加者は若手を中心に50名ほどでしたが、ほぼ全員が口頭発表かポスター発表を行ない、寝食を共にし、交流を深めることができました。交通の便の悪い山中湖までお集りいただいた参加者の皆さま、どうもありがとうございました。(山口雄輝)

IMG_2150.jpgIMG_2119.jpgIMG_2291.jpgIMG_2257.jpg

2016-02-09

論文掲載

新しい論文が掲載されました

藤井穂高准教授(公募班員・大阪大学)らによる、組換えCRISPRリボヌクレオ蛋白質を用いたin vitro enChIP法の開発に関する論文がGenes to Cellsに掲載されました。in vitro enChIP法を利用することで、野生型細胞を用いたenChIP法が可能になりました。

Efficient sequence-specific isolation of DNA fragments and chromatin by in vitro enChIP technology using recombinant CRISPR ribonucleoproteins

2016-01-29

論文掲載

新しい論文が掲載されました

米澤康滋教授(公募班員・近畿大)による研究成果がJournal of Computational Chemistryに採択されました。分子シミュレーションで効率良く複雑な蛋白質の機能的なダイナミックス(コンフォメーション変化)を簡易かつ迅速に決定できる新たな理論手法を開発しました。

2015-12-28

その他のお知らせ

転写サイクルニュースレターVol. 3

転写サイクルニュースレターVol. 3をリリースしました。

第二期公募班より新たに加わった班員の方々を紹介しております。ぜひ御覧ください。

文章に関するご意見やご助言などありましたら、事務局(seikagak[at]med.yokohama-cu.ac.jp)までお知らせいただけますようお願いいたします。


ライト版(閲覧用)はこちらよりダウンロードして下さい。

2015-11-21

班会議・シンポジウム

転写サイクルセミナーのお知らせ

以下の要領でJim Kadonaga先生(UC San Diego)のセミナーを長崎大学において開催いたします。奮ってご参加ください!

日時:平成27年12月2日 (水) 17:00〜18:00
会場:長崎大学医学部 良順会館ボードインホール
主催:新学術 転写サイクル領域

演者:Prof. James T. Kadonaga (US San Diego)
演題:Noncanonical histone-containing particles in dynamic chromatin

要旨:Chromatin in the eukaryotic nucleus is multidimensional. There are covalent modifications of the histones, histone variants, ATP-driven chromatin remodeling factors, non-histone chromosomal proteins, and noncanonical histone-containing chromatin particles. Notably, each of these dimensions of chromatin affects gene expression. In this talk, I will discuss our analysis of a noncanonical chromatin particle termed the prenucleosome. Canonical nucleosomes have been extensively studied and are very well understood. In contrast, little is known about noncanonical chromatin particles, which are a dynamic component of chromatin. The prenucleosome is a stable alternate conformation of the nucleosome that can be converted into canonical nucleosomes by the action of an ATP-dependent motor such as ACF. Moreover, we have found that prenucleosomes or prenucleosome-like particles appear to be present at promoters. These findings suggest that noncanonical histone- containing chromatin particles are a key component of active chromatin.

連絡先:長崎大学医学部生化学教室 伊藤敬 (095-819-7037, 7038)

2015-11-15

班会議・シンポジウム

トレーニングワークショップ開催報告

初級者向けインフォマティクス講習会に参加して
山口 雄輝(東京工業大学大学院生命理工学研究科)

 新たに公募班に加わった村谷さんのご尽力により、平成27年11月14〜15日に筑波大学において初級者向けインフォマティクス講習会「ウェブツールで始められるRNAseq、ChIPseq、発現アレイデータの解析・比較」が開催されました。ゲノム情報解析に関するトレーニングワークショップは以前にも藤井聡さん(九州工業大学)の主催で行いましたが、それ以降、公募班員の一部が入れ替わり、また開催して欲しいという要望も多く寄せられたため、2度目の開催と相成りました。九工大での講習会は、LINUXを用いてコマンドを駆使してシーケンサーから出てきた生データを処理するといった、やや高度かつデータ解析の基礎となる内容が中心でした。今回はそれと相補的な内容、すなわち初期の解析が済んだデータセットをGalaxyやUCSC Genome Browserといった様々なウェブツールを用いて解析するという内容になりました。両方のワークショップに参加した私の正直な感想として、どちらもとてつもなく役立ちました。

 講習会で教わる内容は、実はネットを検索すれば自習できます。ネット上によく出来たチュートリアルもあります。しかし、多くの方が似た経験をしていると思いますが、情報解析を始めてみると、ほんのちょっとしたこと、たとえば不要な1行がデータに含まれていたとかでエラーが返ってきてしまい、そのトラブルシューティングに何時間も費やすといったことが頻繁に起こり、心が折れてしまいそうになります。一通りのデータ解析を、目の前の解説を聞きながら行い、つまづいたときにはすぐ質問して対処できる講習会は、勉強途中の者にとってスキルアップの絶好の機会となります。

 ウェット系研究者の身近に、ぽんぽん解析をお願いできるバイオインフォマティシャンが常にいるわけではありません。ウェット系研究者も情報解析のリテラシを高め、ある程度の解析を一通りこなせるようになれば、データの誤った解釈を避けることができますし、バイオインフォマティシャンの負担を軽減し、研究を効率化できるようになります。そしてバイオインフォマティシャンとはより高度な解析の相談をし、実りある共同研究を行えるようになります。そう考えて私の研究室では数年前から基本的な情報解析は自前でできるよう環境を整えつつあるところですが、自分自身の勉強は疎かになっていて、自らデータを取り扱うことは最近ありませんでした。この講習を受けて、視界がすーっと晴れた気持ちになりました。

 本講習会は村谷さんの司会で進められ、研究室の方々にサポートいただきました。50ページ以上の講義資料も準備いただき、沢山のツールをご紹介いただく盛り沢山の内容でした。もっと時間があれば1つ1つより詳しく出来たのに、と、限られた時間が恨めしく感じられました。駆け足になった部分もありますが、講習会の概要を皆様にもご紹介したいと思います。

  • RNA発現解析、ChIPseq解析結果を用いたパスウェイ解析。DAVID、REACTOME、PANTHER、GREAT、Galaxyツール、遺伝子名とGeneIDの変換、ベン図の作成。
  • UCSCブラウザの基本操作と様々なデータセット。UCSC ブラウザへのデータのアップロード、気になる遺伝子周辺のChIPseqピークの可視化、フィギュアパネルの作り方。
  • プロモーターやChIPseqピークのモチーフ解析。ChIPseqピーク領域のモチーフ解析、転写因子結合サイト解析 (DREME、TOMTOM)。
  • アレイ解析結果などの遺伝子リストからプロモーター領域の塩基配列を取得。RNAseqデータを用いた場合 (アイソフォームや lincRNA を考慮したプロモーター解析)。
  • 3'末端UTR 配列のmiRNA ターゲット解析。アレイ解析結果などの遺伝子リストから3'末端UTR の塩基配列を取得、RNAseq データを用いた場合 (アイソフォームを考慮した3'末端UTR解析)、TargetScanデータベースとの比較によるmiRNAターゲット解析。

 村谷さんと研究室の皆さんにこの場を借りて深く感謝申し上げます。

IMG_1981.pngIMG_1984.png

2015-11-07

班会議・シンポジウム

冬の若手ワークショップ2016開催のお知らせ

恒例となりました「冬の若手ワークショップ」を転写研究会、新学術領域「転写代謝システム」、新学術領域「転写サイクル」の三者合同で開催する時期が近づいて参りました。つきましては詳細をご案内させていただきます。参加登録期限を延長しました!

〜〜〜冬の若手ワークショップ2016 開催要領〜〜〜

日程:2016年2月4日 (木) 午後から2月6日 (土) 午前まで。
   以下のプログラム案をご覧ください。

場所:山中湖畔荘 ホテル清渓
   山梨県南都留郡山中湖村平野506-296
   http://www.nippon-seinenkan.or.jp/seikei/

主催:転写研究会
   文部科学省科研費 新学術領域「転写代謝システム」
   文部科学省科研費 新学術領域「転写サイクル」

参加費用:23,380円
(内訳 宿泊費9,800円×2泊、2日目昼食代1,080円、2日目懇親会費2,700円)
*全日程参加できない場合、お申し出に基づき減額いたします。
*参加登録の受領後、支払額と支払方法を記したメールをお送りしますので、
 事前に銀行振込にてご入金くださいますようお願い申し上げます。
*ご宿泊は和室相部屋 (定員7名) が基本となります。洋室 (1室2名) 利用は
 1泊あたり1,500円プラスとなりますが、ご希望の方はお申し出ください。


アクセス:主に以下のオプションがあります。
方法1
新宿駅-(所要2h15m程度)-山中湖旭日丘バスターミナル (ホテルから約900m)
http://bus.fujikyu.co.jp/highway/detail/id/1
 例)09:10ー11:24、10:10ー12:32、10:40ー12:54、11:10ー13:24、
   12:10ー14:24、13:10ー15:24、14:10ー16:24...

方法2
東京駅-(所要2h30m程度)-富士山山中湖/ホテルマウント富士入口 (ホテルから約3km)
http://bus.fujikyu.co.jp/highway/detail/id/5
 例)10:10ー12:40、12:10ー14:40、14:40ー17:10...
*到着時間に合わせて各バス停からホテルまで送迎を用意する予定です。


プログラム案

● 1日目・2月4日 (木)
 14:00ー17:30 口頭発表
 18:00ー19:00 夕食
 19:30ー21:00 口頭発表

● 2日目・2月5日 (金)
 07:30ー09:00 朝食
 09:00ー12:00 口頭発表
 12:00ー13:00 昼食
 13:00ー15:00 口頭発表
 15:00ー18:00 ポスター発表
 18:30ー20:30 懇親会


● 3日目・2月6日 (土)
 07:30ー09:00 朝食
 09:00ー11:00 口頭発表


参加登録:参加を希望される方は、以下のリンク先より1名ずつご登録ください。
     参加登録期限 2015年12月28日 (月) 正午
     参加登録期限 2016年1月12日 (火) 正午


発表要旨:発表を希望される方は参加登録後、要旨見本.docに従って要旨を作成し、
     以下の問い合わせ先に添付ファイルでお送りください。
     要旨送付期限 2016年1月15日 (金)
*本ワークショップは若手主体の会です。学生や若手研究者の積極的な参加と発表を
 是非ともお願いいたします。


問い合わせ先:冬の若手ワークショップ2016事務局
       transcriptioncycle2@gmail.com

2015-09-27

班会議・シンポジウム

初級者向けインフォマティクス講習会開催のお知らせ

村谷先生のオーガナイズにより転写サイクル領域の班員ならびに関係者を対象とした初級者向けインフォマティクス講習会を筑波大学で開催することになりました。参加を希望される方はお一人ずつ 参加登録のページから登録をお願いします(11月7日〆切)。参加登録は締め切りました。



ウェブツールで始められるRNAseq、ChIPseq、発現アレイデータの解析・比較

【概 要】
日 時:Aコース 11月14日(土)9:30〜17:00
    Bコース 11月14日(土)12:00〜17:00および15日(日)9:30〜13:00 
    両コースは同内容ですので、ご都合に合わせていずれかをお選び下さい。
場 所:筑波大学 医学地区(http://www.md.tsukuba.ac.jp/top/access/
定 員:計30名
講 師:村谷匡史(筑波大学・公募班員、muratani@md.tsukuba.ac.jp
参加費:無料(宿泊される方は各自、手配をお願いします)
必要なもの:Wi-Fi接続可能なノートPC(Mac、Windowsとも可)
問い合わせ先:transcriptioncycle2@gmail.com


【プログラム】
11月14日(土)
8:30     会場を開放
   (到着した参加者から)
   インターネット接続の確認、UCSCブラウザ、Galaxyのアカウント作成
   練習用データの配布(データを持っていない参加者用)

9:30〜10:30 RNAseq、アレイデータの遺伝子リストから全体像の把握
   遺伝子名とGeneIDの変換、ベン図の作成
   パスウェイ解析(REACTOME、PANTHER、DAVID)

10:30〜12:00 ChIPseq結果からのパスウェイ解析、UCSCブラウザの基本操作
   FASTQ、BAM、BED、BEDGRAPHのファイルフォーマット
   UCSCブラウザとGalaxy
   GREAT解析ツール
   気になる遺伝子周辺のChIPseqピークの可視化、フィギュアパネルの作り方

12:00〜13:00 昼休み
   (午後からの参加者のためのUCSCブラウザとGalaxyの説明リピート)

13:00〜15:00 プロモーターやChIPseqピークのモチーフ解析
   アレイ解析結果などの遺伝子リストからプロモーター領域の塩基配列を取得
   RNAseqデータを用いた場合(アイソフォームを考慮したプロモーター解析)
   lincRNAやmiRNA遺伝子のプロモーター領域の扱い
   ChIPseqピーク領域を用いた場合
   転写因子結合サイト、モチーフ解析

15:30〜16:30 3'末端UTR配列のmiRNAターゲット解析
   アレイ解析結果などの遺伝子リストから3末端UTRの塩基配列を取得
   RNAseqデータを用いた場合(アイソフォームを考慮した3末端UTR解析)
   TargetScanデータベースとの比較によるmiRNAターゲット解析

16:30〜17:00 ENCODE、IHEC等の公開データセットの利用

   ChIPseq、RNAseqデータのGalaxyへのダウンロード
   UCSCブラウザへのアップロード

17:00〜    自由解析、Q&A、解散

18:00     会場施錠

11月15日(日)
9:00〜13:00 一日目午前の内容のリピートおよび自由解析とQ&A、解散


【講師からの一言】
 RNAseq、ChIPseq、マイクロアレイによるRNA発現などを共同研究や外注で行った場合、各条件で変化している遺伝子やChIPseqピークのリストが送られてきます。そんな時、ただ遺伝子名を眺めているだけではせっかくお金と時間をかけたデータの価値を十分に引き出しているとは言えません。本講習会は、コマンド入力を使うインフォマティクス解析を学ぶのはちょっと難しいなと感じている方が解析の「最初の一歩」を踏み出せるような初心者向けの内容になっています。また、次世代シークエンサーの実験は行っていないが、アレイデータはある、という方でもENCODEやIHECのデータとの比較を通して様々な解析への道筋が見えるようになるはずです。講習はヒト(マウスもほぼ同じ)のデータベースを例示しながら行いますが、UCSCブラウザ(genome.ucsc.edu)とGalaxy(usegalaxy.org)のツール類に関してはどのモデル生物でも共通です。
 参加者はWi-Fi接続とメールの使用できるノートPC(Mac、Windowsとも可)を持参してください。RNAseq、ChIPseq、アレイデータ(いずれも外注の納品データなど、定量解析やピークコールが済んだもの)のある参加者は、それを用いて解析できます(註)。ソフトウェアはエクセルなどの表計算ソフトとインターネットブラウザを使います。

(註)RNAseqはトランスクリプトごとの定量や各条件下で差のあった遺伝子やトランスクリプトのリスト、ChIPseqではピークコール結果、アレイ解析ではプローブごとの定量結果や差のあったプローブのリストを使用します。(外注サービスでは、これらはエクセルの納品ファイルです。)次世代シークエンシング解析では、マッピング済みファイル(BAMファイル、またはBEDファイル)があると、FTPでGalaxyにアップロードしてさらに自由な可視化やピークコールができます。

2015-09-01

班会議・シンポジウム

班会議開催報告

恒例の班会議を静岡県伊東市のホテル暖香園において8月3日(月)から8月5日(水)にかけて開催しました。第二期の公募班メンバーを迎えて多くの新しい研究成果に出会う機会となりました。班会議の運営にご尽力いただいた横浜市大のメンバーの皆さんに厚く御礼申し上げます。領域代表 山口 DSC02283.JPGDSC02307.JPGDSC02343.JPGDSC02320.JPG

2015-07-28

論文掲載

新しい論文が掲載されました

山口雄輝教授(計画班員・東工大)らによる研究成果がMolecular and Cellular Biologyに採択され、7月27日付で速報版がウェブ掲載されました。複雑な転写伸長制御機構の新たな側面を解き明かす研究成果です。

Characterization of the human transcription elongation factor Rtf1: evidence for non-overlapping functions of Rtf1 and the Paf1 complex

2015-07-01

班会議・シンポジウム

転写サイクル合同班会議 2015(静岡)開催のご案内

関係各位

新学術「転写サイクル」領域の合同班会議を以下の要領にて開催いたします。

日程:2015年8月3日(月)〜8月5日(水)

場所 ホテル暖香園(静岡県伊東市)

参加登録〆切:7/17(金)

要旨提出〆切:7/17(金)

  1. 会議での発表形式についてお知らせいたします。 (班員の皆様には口頭発表をお願いします。)
    口頭発表...発表時間16分質疑応答4分
    ポスター発表...ポスターサイズ;幅 1 m x 縦1.5 m程度まで
    ポスターの使用言語は特に定めません。
  2. 参加、宿泊登録は(株)JTB首都圏が代行いたします。ウェブフォームより申し込みをお願いします(7/17(金)締め切り)
  3. 要旨集を作成いたしますので,班員およびポスター発表を希望される方は、メールにて提出をお願いいたします。A4 1-2ページ,演題名,発表者氏名,所属,本文は研究目的、背景説明、研究経過等を中心に記載して下さい。作成はMicrosoft Wordを使用して下さい。 7月17日(金)締め切りです。 提出先:横浜市立大学・大学院医学研究科・生化学(seikagak(@マーク)yokohama-cu.ac.jp )
  4. 8月3日は14時開始の予定ですが、変更する場合がございます。詳細はプログラムが決まり次第アナウンスいたします。
  5. 共同研究者(スタッフ,ポスドク,学生)のご同道およびポスター発表をぜひお願いいたします。若手育成の重要な機会でもあります。ポスター発表を希望される場合は3.の要領で要旨をご準備いただき,提出をお願いいたします。
  6. 班友や連携研究者にご出席、ご発表いただける場合、スケジュールが許せば口頭発表にまわっていただきます。

2015-06-29

論文掲載

新しい論文が掲載されました

松本直通教授(計画班員・横浜市大)らによる研究成果が、Annals of Neurologyに掲載されました。この研究成果は、緒方一博教授(計画班員・横浜市大)との共同研究によるものです。

Somatic mutations in the MTOR gene cause focal cortical dysplasia type IIb

2015-05-21

論文掲載

新しい論文が掲載されました

大野欽司教授(H25-26年度公募班員・名古屋大学)らによる研究成果が、Genes & Developmentに掲載されました。

Position-specific binding of FUS to nascent RNA regulates mRNA length

2015-04-15

論文掲載

新しい論文が掲載されました

藤井穂高准教授(公募班員・大阪大学)らによる、enChIP法とRNA sequencing解析を組み合わせたenChIP-RNA-Seq法を用いてテロメア結合RNAを網羅的に同定した論文がPLoS Oneに掲載されました。

Identification of Non-Coding RNAs Associated with Telomeres Using a Combination of enChIP and RNA Sequencing

2015-01-21

論文掲載

新しい論文が掲載されました

高橋秀尚助教(公募班員・北海道大学)らによる新しい研究成果が、Nature Communicationsに掲載されました。

転写サイクル初期の一時停止状態からの伸張再開において、MED26がTAF7からEAFへと相互作用パートナーを切り替えることで分子スイッチの役割を果たすことを明らかにしました。

http://www.nature.com/ncomms/2015/150109/ncomms6941/abs/ncomms6941.html

2015-01-08

その他のお知らせ

転写サイクルニュースレターVol. 2をリリースしました

転写サイクルニュースレターVol. 2をリリースしました。

文章に関するご意見やご助言などありましたら、事務局(seikagak[at]med.yokohama-cu.ac.jp)までお知らせいただけますようお願いいたします。


ライト版(閲覧用)はここからダウンロードして下さい。

高精細版(印刷用)はここからダウンロードして下さい。

2014-12-26

班会議・シンポジウム

「冬の若手ワークショップ2015」参加登録延長のお知らせ

参加登録の締切を2015年1月9日(金)に延長いたします。 参加を希望される方は、下記のサイトから参加登録をお願いいたします。詳細については2014年11月26日のエントリをご覧ください。

https://docs.google.com/forms/d/1F2bxHkZrgoykQTgdHDalpWiEVxZaQn2ZSthBlEkmGJ8/viewform?usp=send_form

2014-12-23

班会議・シンポジウム

転写サイクル国際シンポジウム開催報告

2014年11月24日、東京工業大学蔵前会館(東京都目黒区)において転写サイクル国際シンポジウム "The International Conference on Transcirption Cycle 2014" が開催されました。休日の開催だったにも関わらず、領域の内外から100名を超える方々にお集りいただきました。外国からのスピーカー招聘にご尽力いただいた伊藤先生や大熊先生、本シンポジウムの宣伝にご尽力いただき、また会場に直接足をお運びいただいた班員・関係者の皆さま、厚く御礼申し上げます。

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2014-12-03

論文掲載

新しい論文が掲載されました

藤井穂高准教授(公募班員・大阪大学)らによる組換えLexA蛋白質を用いたin vitro iChIP法に関する論文がBMC Molecular Biologyに掲載されました。

Efficient isolation of specific genomic regions retaining molecular interactions by the iChIP system using recombinant exogenous DNA-binding proteins

2014-11-26

班会議・シンポジウム

「冬の若手ワークショップ2015」開催のお知らせ(更新しました)

今年も「冬の若手ワークショップ2015」を転写研究会・転写サイクル・転写代謝システムの三者合同で開催する運びとなりました。お忙しい時期とは存じますが、ご参加下さいますよう宜しくお願い申し上げます。

========「若手ワークショップ@伊香保」開催要領========

日時:平成27年2月5日(木)〜7日(土) 2泊3日

場所:ホテル松本楼
   群馬県渋川市伊香保町164

参加費:24,600円(若干変更する可能性あり。)
<内訳>
・宿泊費 20,820円 (10,410円 ×2泊)
・懇親会費 2,700円
・2日目昼食代 1,080円
※振込先は後日連絡いたします。

参加登録方法:後日、領域HPに登録フォームを作成致します。
参加を希望される方は、下記のサイトからご入力をお願い申し上げます。
https://docs.google.com/forms/d/1F2bxHkZrgoykQTgdHDalpWiEVxZaQn2ZSthBlEkmGJ8/viewform
返信メールに記載された金額をご確認の上、平成27年1月9日(金)までにお振込み下さい。

参加登録〆切:平成26年12月26日(金)平成27年1月9日(金)

発表形式:口頭またはポスター

発表要旨:A4サイズ1枚、Word file(演題、発表者、所属も含む)
以下の要旨見本に従って作成し、提出して下さい。
abstract_example.pdf

要旨提出〆切:平成26年12月26日(金)平成27年1月9日(金)

要旨提出先:筑波大学 大徳浩照(hiroakid[at]tara.tsukuba.ac.jp)

ご不明な点は、以下までご連絡ください。
tmsystem[at]tara.tsukuba.ac.jp
筑波大学 深水研究室 新学術領域「転写代謝システム」事務局 尾崎 瑞子


======= スケジュール概要(発表人数によって変更有り)=======

●2/5(木)
13:00 - 14:00   受付
14:00 - 17:00   口頭発表
18:00 - 19:00   夕食
19:15 - 21:15   口頭発表

●2/6(金)
07:00 - 08:00   朝食
09:00 - 12:00   口頭発表
12:00 - 13:00   昼食
14:00 - 15:00   特別講演:小原 有弘先生(医薬基盤研究所)
15:00 - 17:00   ポスター発表
18:00 - 20:00   懇親会

●2/7(土)
08:30 - 11:30   口頭発表
          解散

====================================

※なお参加登録方法や参加費の振込に関しましては,決定次第改めてご連絡いたします。

2014-11-20

論文掲載

新しい論文が掲載されました

田村智彦教授(計画班員・横浜市立大学)らの転写因子IRF8の機能に関する新しい研究成果が、Bloodに掲載されました。研究内容についてはプレスリリース「アレルギー疾患を引き起こす免疫細胞である好塩基球やマスト細胞の産生・分化の仕組みを解明!」をご覧ください。

2014-11-12

論文掲載

新しい論文が掲載されました

中村春木教授(計画班員・大阪大学)らの新しい研究成果がPLoS ONEに掲載されました。
分子動力学法と情報科学解析によりStromelysin-1プロモータ上における転写因子Ets1ホモ二量体の結合メカニズムを原子レベルで明らかにしました。

A Novel Approach of Dynamic Cross Correlation Analysis on Molecular Dynamics Simulations and Its Application to Ets1 Dimer-DNA Complex

2014-11-06

その他のお知らせ

学会賞の受賞

平田章講師(公募班員・愛媛大学)が11月3日、極限環境生物学会の研究奨励賞を受賞しました!

2014-11-05

班会議・シンポジウム

転写サイクルセミナーのお知らせ

講  師:Prof. Robert G. Roeder (the Rockefeller University)

タイトル:Transcriptional Regulatory Mechanisms in Animal Cells

日  時:2014年11月27日(木)16:00〜17:30

場  所:富山大学 医薬系キャンパス 薬学研究棟2 セミナー室8

問い合わせ先:富山大学大学院医学薬学研究部大熊 芳明

2014-11-05

班会議・シンポジウム

転写サイクルセミナーのお知らせ

講  師:Prof. Robert G. Roeder (the Rockefeller University)

タイトル:Transcriptional Regulatory Mechanisms in Animal Cells

日  時:2014年11月25日(火)17:00〜19:00

場  所:筑波大学 健康医科学イノベーション棟 8階講堂

問い合わせ先:筑波大学医学医療系 遺伝子制御学研究室久武 幸司、福田 綾

2014-10-24

班会議・シンポジウム

若手海外派遣:ミーティングレポート(H26-1)

本領域の総括班では、班員の研究室に所属する若手研究者や大学院生が海外の学会に参加して発表を行うことを支援しています。本制度を利用して、ドイツのEMBL-Heidelbergにおいて2014年8月23日から26日にかけて開催された11th EMBL Conference Transcription and Chromatinに参加した大学院生、熊藤将之さん(富山大学大学院医学薬学教育部 大熊研究室)のミーティングレポートを以下に掲載します。


11th EMBL Conference Transcription and Chromatin
EMBL Advanced Training Centre, Heidelberg, Germany, 23-26 August 2014

富山大学大学院医学薬学教育部 熊藤 将之

ドイツはハイデルベルク。ドイツの中でも学問の中心地として名高いこの地でEMBL(European Molecular Biology Laboratory)による11th EMBL Conference Transcription and Chromatinが開催されました。

8月も終盤、2014年8月23-26日の四日間、今回の学会が催されたわけですが、何年ぶりかの寒波が北ヨーロッパを襲っていたこともあり、昼も比較的涼しく、夜になると上着が欲しくなるような寒さが身体を纏いました。

市街地を離れ、平地よりもやや高い小山の上にEMBLはあります。EMBLの建物の構造は多少複雑で、DNA二重らせん構造をモチーフとした二つの通路が一階から最上階まで延びており、片方のループからもう片方のループへと移る為には水素結合を再現した渡り通路を通ることが必要で、構造を把握するのに手間取ると同時に、あまり日本では見ることのできないユニークな発想に心を奪われました。

日本とドイツの時間差は7時間。初の海外への渡航による疲れや時差ぼけにより、体が辛いこともありましたが、それ以上にEMBLでの学会は非常に興味深く、私を熱中させてくれるものでした。その中でも興味深かった内容について3つほど紹介させていただきます。

1つ目はPatrick Cramer氏による酵母を用いたin vitroでの報告で、酵母の転写開始複合体とメディエーターのそれぞれのコア(cPICとcMed)の構造解析についての発表でした。転写開始から伸長へと移行する際には基本転写因子TFIIBの構造変換が重要であることを、結晶構造から示していました。また、メディエーターについての話題では、CTDに主に結合するとされるメディエーターのHeadとMiddleモジュールのみではCTDのリン酸化は起こらず、Head、Middleモジュールに加えMed14を共発現することにより初めてCTDのリン酸化が行われるとのことでした。Med14はMiddleとTailモジュールを繋ぐサブユニットであることが報告されており、CTDの結合とあまり関連がないような印象を受けていたので、今回の報告は非常に驚くべきものでした。さらにMed26が存在することにより、このリン酸化はさらに効率的なものへと変わるとのことでした。メディエーター間の相互作用によってPol IIの修飾がより強くなることは非常に興味深かったです。私自身、メディエーターを研究している為、非常に印象深い発表でした。構造解析の手法を私自身は用いたことはありませんが、今回の発表しかり、構造面から生命現象を追っていくことの重要さ、楽しさを再認識することのできる発表でした。

2つ目はJean-Christophe Andrau氏による、Pol IIのCTDについての話題です。Pol IIのリン酸化と言えば2番目、5番目、7番目のCTDのリン酸化がメジャーで、様々な実験系において、転写の段階について知るためのマーカーとして使われています。今回はCTDの7つのアミノ酸Tyr1-Ser2-Pro3-Thr4-Ser5-Pro6-Ser7のうち、最初の塩基であるTyr1のリン酸化が転写にどのような影響を及ぼすかについての報告でした。一番目チロシンをフェニルアラニンに置換(Y1F)することで、Pol IIは高度にリン酸化されず分解され、最終的には細胞が死滅してしまうとのことでした。またこのTyr1リン酸化はアンチセンス転写のプロモーター、エンハンサーの機能にも関わるらしい、ということが報告されました。転写CTDのSerのリン酸化の重要性については認識していましたが、今回のThr1リン酸化の報告から、Pol IIのCTDの転写に対する影響の重要性について改めて考えさせられました。

3つ目はLaszlo Tora氏によるSAGA複合体についての話題です。SAGAとは、Spt-Ada-Gcn5-Acetyltransferaseの略称です。このタンパク質はクロマチンの修飾活性を持っており、Pol II転写の活性化に広範に関わっていることが知られています。Tora氏は以前もSAGA複合体の抗体を用いたChIPによる機能解析を行っていたのですが、今回はSAGA複合体によるクロマチン修飾についてより詳細に解析するために、SAGA複合体に対するアセチル化阻害剤、脱ユビキチン化阻害剤を添加し、アセチル化H3K9とユビキチン化H2Bの抗体を用いてChIPアッセイを行っていました。おもしろいことに、SAGA複合体の抗体を用いたChIPと今回の結果では、異なる結果を見せることが分かりました。このことから、SAGA複合体非常に動的に働く、つまり修飾後のクロマチン上に長くとどまらないのではないかということが示唆されました。同じ現象を見ているような実験においても、調べる角度を変えることにより、このような興味深い発見が出てくるという実例を目の当たりにし、私自身も常に広い視野、柔軟な思考を持って自身の研究テーマに取り組む必要があると気を引き締めることができました。

他にも、基本転写因子であるTFIIDや、近年発見されたエンハンサーRNA、Polycomb複合体、細胞分化に関する研究など非常に魅力的な話題ばかりで、挙げればきりがないほどに内容が濃い会でありました。転写やクロマチン制御に関する世界で最先端を行く研究者の皆様の成果を直接自身で見聞きすることのできる、非常に素晴らしい機会であったと感じています。

私も、今回の学会でポスターにて発表させていただきました。英語を用いて会話をするといった経験はほとんど無かったため、多少の不安はありました。しかし、私の拙い英語を聞いて発表内容を理解していただけた喜びはこの学会中で一際大きいものであり、今後にあっても非常に重要な経験であったと思います。

国際学会を初めて経験し、世界をリードする研究者の皆様の思考・発想の柔軟性には驚かされるばかりでしたが、その分非常に良い刺激をいただくことができたと感じております。 最後になりましたが、今回、新学術研究領域転写サイクルの援助のおかげで大変貴重な経験をさせていただくことが出来ました。代表の山口先生および関係者の皆様に深く感謝申し上げます。

2014-10-21

論文掲載

新しい論文が掲載されました

平田章講師(公募班員・愛媛大学)らの新しい研究成果がNature Communications(Natureの姉妹誌)に掲載されました。
アーキアRNAポリメラーゼと真核生物RNAポリメラーゼIIにおける「ストーク」の構造変化に伴う「クランプ」の分子開閉機構を発見しました。

詳しくは、研究内容を分かりやすく説明したプレスリリースや論文の要旨をご参照ください。

The X-ray crystal structure of the euryarchaeal RNA polymerase in an open-clamp configuration

2014-10-20

班会議・シンポジウム

Announcement for the International Conference on Transcription Cycle 2014

The International Conference on Transcription Cycle 2014
Monday, November 24, 2014
1:00 pm to 6:00 pm
Tokyo Institute of Technology, Ookayama Campus, Kuramae Kaikan (TTF)

This mini-symposium will take place at Tokyo Institute of Technology on November 24. The venue is close to both central Tokyo and Yokohama and is just 1-minute walk from a nearby railway station.
http://www.titech.ac.jp/english/maps/index.html

The following speakers will be making presentations.

SPEAKERS
Steve Hahn (Fred Hutchinson Cancer Research Center, USA)
Hiroshi Kimura (Tokyo Institute of Technology, Japan)
Shigeki Nagai (Stanford University, USA)
Robert Roeder (Rockefeller University, USA)
Katsuhiko Shirahige (the University of Tokyo, Japan)
Peter Verrijzer (Erasmus University Medical Center, the Netherlands)
Yuki Yamaguchi (Tokyo Institute of Technology, Japan)

Participation is free of charge, and prior registration is not necessary. Please join us!


(UPDATE) The meeting program has been finalized!

13:00 - 13:05
Opening Remarks
Yuki Yamaguchi (Tokyo Institute of Technology, Japan)

13:05 - 13:35
Regulation of Transcription Cycle by Histone Modifications in Living Cells
Hiroshi Kimura
Graduate School of Bioscience and Biotechnology, Tokyo Institute of Technology, Yokohama, Japan

13:35 - 14:20
Mechanisms of Transcription Activation
Steven Hahn
Fred Hutchinson Cancer Research Center, Seattle, WA, USA

14:20 - 14:50
Chromatin Potentiates Transcription
Shigeki Nagai
Roger Kornberg Lab, Stanford University School of Medicine, CA, USA

14:50 - 15:35
Chromatin and Transcription Control in Development and Disease
Peter Verrijzer
Department of Biochemistry, Erasmus University Medical Centre, Rotterdam, The Netherlands

Coffee Break

15:50 - 16:35
Mechanism of Transcriptional Regulation by Cohesin and Its Loader: Novel Insights from New Cohesinopathy Related Syndrome and In Vitro?Reconstitution System
Katsuhiko Shirahige
Institute of Molecular and Cellular Biosciences, The University of Tokyo, Tokyo, Japan

16:35 - 17:20
Transcriptional Regulatory Mechanisms in Animal Cells
Robert G. Roeder
Laboratory of Biochemistry and Molecular Biology, The Rockefeller University, New York, NY, USA

17:20 - 17:50
Regulatory Mechanisms for Pol II Termination Sites and 3' Processing Pathways in Higher Eukaryotes
Yuki Yamaguchi and Junichi Yamamoto
Graduate School of Bioscience and Biotechnology, Tokyo Institute of Technology, Yokohama, Japan

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2014-10-16

論文掲載

新しい論文が掲載されました

田村智彦教授(計画班員・横浜市立大学)らの新しい研究成果がNature Communications(Natureの姉妹誌)に掲載されました。これは米国国立衛生研究所と共同で、転写因子IRF8による貪食細胞への分化決定の分子メカニズムを解明したものです。詳しくはプレスリリースや以下の論文要旨をご参照ください。

IRF8 inhibits C/EBPα activity to restrain mononuclear phagocyte progenitors from differentiating into neutrophils

2014-09-06

班会議・シンポジウム

「転写サイクル」セミナーのお知らせ

講  師:Dr. Masahiko Imashimizu (NIH National Cancer Institute, USA)

タイトル:Transcription elongation: heterogeneous tracking of RNA polymerase and its biological consequence

日  時:9月12日(金)14:00?15:00

場  所:東京工業大学 すずかけ台キャンパス B2棟4階大会議室

2014-08-15

班会議・シンポジウム

H26年度合同班会議 開催報告

領域代表の山口です。去る8月4日から6日にかけて班会議を実施しました。班員ならびに関係者の皆さまには、北は北海道、南は熊本から、やや交通の便の悪い山梨までお越しいただき、参加者総数は68名を数えました。おかげさまで実に濃密なディスカッションを行なうことができました。参加者お一人お一人に感謝の気持ちで一杯です。特に、アドバイザーで特別講演をいただいた佐藤文俊先生(東大・生研)と、総括班会議で有益なアドバイスをいただいた水品善之先生(文部科学省研究振興局・学術調査官)に深く感謝申し上げます。

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2014-08-01

アウトリーチ活動

高校生のための夏休み特別講習会を実施しました

十川久美子准教授(計画班員・東京工業大学)が7月31日から8月1日にかけて、高校生のための夏休み特別講習会を実施しました。

2014-07-30

論文掲載

新しい論文が掲載されました

緒方一博教授(計画班員・横浜市立大学)らによる論文がJournal of Molecular Biologyに掲載されました。

A novel allosteric mechanism on protein-DNA interactions underlying the phosphorylation-dependent regulation of Ets1 target gene expressions.

2014-07-24

論文掲載

新しい論文が掲載されました

藤井穂高准教授(公募班員・大阪大学)らによるenChIP-SILAC法を利用したインターフェロンγ誘導性遺伝子プロモーター結合蛋白質の同定に関する論文がPLoS Oneに掲載されました。

Identification of proteins associated with an IFNγ-responsive promoter by a retroviral expression system for enChIP using CRISPR

2014-07-19

論文掲載

新しい論文が掲載されました

中村春木教授(計画班・大阪大学)らによる論文がThe Journal of Chemical Physicsに掲載されました。

The zero-multipole summation method for estimating electrostatic interactions in molecular dynamics: Analysis of the accuracy and application to liquid systems

2014-07-17

論文掲載

新しい論文が掲載されました

高橋陽介教授(計画班員・広島大学)らによる論文がPlant Cellに掲載されました。

DELLAs Function as Coactivators of GAI-ASSOCIATED FACTOR1 in Regulation of Gibberellin Homeostasis and Signaling in Arabidopsis

2014-07-15

論文掲載

新しい論文が掲載されました

太田力ユニット長(公募班員・国立がん研究センター)らによる論文がCancer Researchに掲載されました。

A rare polymorphic variant of NBS1 reduces DNA repair activity and elevates chromosomal instability

2014-07-02

論文掲載

新しい論文が掲載されました

山口雄輝教授(計画班員・東京工業大学)らの新しい研究成果がNature Communications(Natureの姉妹誌)に掲載されました。遺伝子発現のエンジンともいえるRNAポリメラーゼIIにNELFが直接作用して、RNAの長さを適切にコントロールする仕組みを発見したもので、学術的な意義だけでなく、がん化の仕組みの解明につながると期待されます。詳しくは、研究内容を分かりやすく説明したプレスリリース論文の要旨をご参照ください。

2014-06-23

班会議・シンポジウム

転写サイクル合同班会議 2014(山梨)開催のご案内

関係各位

新学術「転写サイクル」領域の合同班会議を以下の要領にて開催いたします。

日  程:2014年8月4日(月)午後から8月6日(水)午前まで(2泊3日)
場  所:慶山(山梨県笛吹市)
参加登録〆切:7/11(金)7/25(金)
要旨提出〆切:7/25(金)

  • 班員の皆さまには口頭発表をお願いいたします。
  • 班友や連携研究者にご出席、ご発表いただける場合、スケジュールが許せば口頭発表にまわっていただきます。
  • 若手育成の重要な機会ですので、班員の研究室メンバーのご同道とポスター発表を是非お願いいたします。
  • 発表言語は原則、日本語といたします。スライドやポスターの言語は特に定めません。

 

〜〜〜〜〜転写サイクル合同班会議 2014 開催要領〜〜〜〜〜

日  程:2014年8月4日(月)午後から8月6日(水)午前まで(2泊3日)

場  所:旅館 慶山
     〒406-0031 山梨県笛吹市石和町市部822
     TEL:055-262-2161
     http://www.keizan.com

費  用:一般 28,380円
     学生 24,060円
これは2泊3日フル参加の場合の金額です。一部しか参加できない方については、お申し出に基づき減額いたします。
参加申込書を受領後、運営業務を一部代行するJTBより、支払額と支払方法を記したメールを返送いたします。

プログラム概要:
発表は口頭発表かポスターのいずれかです。口頭発表は1人あたり20分(質疑応答を含む)程度を予定しています。
プログラム案は以下の通りですが、変更の可能性があります。
● 1日目・8月4日(月)
  13:30〜18:20 口頭発表
  18:30〜19:30 夕食
  19:30〜21:00 口頭発表
  ホテル泊
● 2日目・8月5日(火)
  07:00〜09:00 朝食
  09:00〜12:00 口頭発表
  12:00〜13:00 昼食
  13:00〜17:00 口頭発表
  18:00〜23:00 懇親会+ポスター発表
  ホテル泊
● 3日目・8月6日(水)
  07:00〜09:00 朝食
  09:00〜12:00 総括班会議
  解散

お申し込み方法:
参加される方は、切り取り線内にご記入の上、以下のアドレスに7/11(金)7/25(金)までにお送り下さい。
発表される方は「要旨見本」に従って要旨を作成し、以下のアドレスに7/25(金)までにお送り下さい。

要旨見本.doc

お申し込み・お問い合わせ先:
     transcriptioncycle2@gmail.com

 

************ 切 り 取 り 線 ************

「転写サイクル合同班会議 2014」参加申込書

氏  名:
氏名かな:
所  属:
職位/学年:(部屋割のため)
性  別:男・女(部屋割のため)
E-mail:

(1) 発表について
1つを選んで下さい。
 ・口頭発表を希望する
 ・ポスター発表を希望する
 ・発表しない

(2) 参加の範囲
全日程を通して参加できない場合、以下のうち参加できない部分を消して下さい。参加費を再計算いたします。
 ・8/4宿泊(8/4夕食と8/5朝食を含む)
 ・8/5昼食
 ・8/5宿泊(8/5夕食と8/6朝食を含む)

(3) その他のご要望(個室や相部屋の希望、食物アレルギー等)

************ 切 り 取 り 線 ************

2014-06-11

論文掲載

新しい論文が掲載されました

高橋陽介教授(計画班員・広島大学)らによる論文がPlant Physiologyに掲載されました。

Scaffold function of Ca2+-dependent protein kinase: Tobacco Ca2+-DEPENDENT PROTEIN KINASE1 transfers 14-3-3 to the substrate REPRESSION OF SHOOT GROWTH after phosphorylation

2014-06-02

論文掲載

新しい論文が掲載されました

緒方一博教授(計画班員・横浜市立大学)らによる論文がNature Communicationsに掲載されました。

De novo SOX11 mutations cause Coffin-Siris syndrome

2014-05-27

論文掲載

新しい論文が掲載されました

原田昌彦准教授(公募班員・東北大学)らによる論文がOncogeneに掲載されました。

Possible involvement of LKB1-AMPK signaling in non-homologous end joining

2014-05-20

論文掲載

新しい論文が掲載されました

大熊芳明教授(計画班員・富山大学)らによる論文がGenes to Cellsに掲載されました。

Mediator MED18 subunit plays a negative role in transcription via the CDK/Cyclin module

2014-05-13

論文掲載

新しい論文が掲載されました

田村智彦教授(計画班員・横浜市立大学)らによる論文がNature Communicationsに掲載されました。

Transcription factor IRF5 drives P2X4R+-reactive microglia gating neuropathic pain.

2014-05-07

論文掲載

新しい論文が掲載されました

田村智彦教授(計画班・横浜市立大学)らによる論文がPurinergic Signallingに掲載されました。

IRF8 is a transcriptional determinant for microglial motility

2014-05-01

論文掲載

新しい論文が掲載されました

横山明彦准教授(公募班員・京都大学)らによるMLL fusion依存性の転写活性化メカニズムに関する論文がNucleic Acid Researchに掲載されました。

MLL fusion proteins link transcriptional coactivators to previously active CpG-rich promoters

http://nar.oxfordjournals.org/content/early/2014/01/23/nar.gkt1394

2014-04-10

論文掲載

新しい論文が掲載されました

和田洋一郎教授(公募班員・東京大学)らによる論文がGenome Biologyに掲載されました。

Cross-enhancement of ANGPTL4 transcription by HIF1 alpha and PPAR beta/delta is the result of the conformational proximity of two response elements

2014-03-31

論文掲載

新しい論文が掲載されました

高橋秀尚助教(公募班員・北海道大学)らによる論文がOncogeneに掲載されました。

The TRIM-FLMN protein TRIM45 directly interacts with RACK1 and negatively regulates PKC-mediated signaling pathway.

2014-03-11

論文掲載

新しい論文が掲載されました

米澤 康滋教授(公募班員・近畿大学)によるPol-IIの分子シミュレーションに関する論文がThe Journal of Physical Chemistry B に掲載されました。
Molecular Dynamics Study of the Phosphorylation Effect on the Conformational States of the C-terminal Domain of RNA Polymerase II

2014-03-08

班会議・シンポジウム

第2回トレーニングワークショップ開催のご報告

2014年 3月 6日(木)〜 3月 7日(金)、九州工業大学飯塚キャンパスにおいて第2回トレーニングワークショップ(ChIP-seqデータ解析)が開催されました。藤井聡先生(計画班員・九州工業大学)に全体をオーガナイズしていただききました。藤井先生と同研究室の飯田緑研究員が講師役を務め、25名の受講者(班員とその研究室メンバー)に対して充実した内容の実習が行なわれました。Linuxコマンドの簡単なイントロダクションから始まり、RやBioconductorを利用したより高度な内容に移っていきました。さらに、班友である矢田哲士先生(九州工業大学)と大川恭行先生(九州大学)の講演も行なわれました。矢田先生からは、塩基配列とプロモーター活性の関係に関する最新の知見をご紹介いただきました。大川先生からは、ChIP-seqのウェットとドライ双方のtipsを多数ご紹介いただき、同解析を実際に行なう上で非常に役立つお話でした。この場を借りて、関係した方々に厚く御礼申し上げます。

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2014-02-21

アウトリーチ活動

市民公開講座での発表を行いました。

黒柳秀人准教授(公募班員・東京医科歯科大学)が東京都文京区において市民公開講座「遺伝子のプロセシング暗号を解いて心臓や筋肉の病気を治す!」を行いました。

2014-02-03

班会議・シンポジウム

冬の若手ワークショップ 2014 開催報告

平成26年1月30日(木)から2月1日(土)にかけて磯部ガーデンホテル(群馬)において冬の若手ワークショップ 2014が開催されました(幹事:山口雄輝(東京工業大学))。本ワークショップは新学術『転写サイクル』領域、新学術『転写代謝システム』領域、転写研究会の3者共催で行なわれました。

総勢60名を超える参加者が集まり、26題の口頭発表がありました。さらに、ポスター発表が2日目の夕食時に行なわれ、リラックスした雰囲気の中、議論を深めることができました。

下記(more)をクリックすると、当日の様子をごらんになれます。

当日の様子:


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2014-01-10

班会議・シンポジウム

第2回トレーニングワークショップ(ChIP-Seqデータ解析)開催要領

(i)場所
九州工業大学飯塚キャンパス
計算機端末室I(研究棟東棟8F E801、E802)


(ii)日程
2014年 3月 6日(木)〜 3月 7日(金)
*1日目は午後スタートで、2日目は16:00まで。
詳細は (v) を参照。


(iii)講習内容
・ChIP-Seqのデータ解析を中心として、ウェットの部分は座学のみ行います。
・九工大のPC端末を利用して、Linuxを使って実際に自分たちで作業を行ってもらいながら進めていきます。
・Linuxの基本操作、R/Bioconductorの扱い方をふまえまして、シーケンサの結果として得られたfastqファイルから、ピークコール、近傍の遺伝子のアノテーションまでChIP-Seqのデータ解析を一通り行う予定です。詳細は (vi) を参照して下さい。
・また、座学の講演会として、転写関連ドライの研究紹介として九工大の矢田哲士先生とChIP-Seqウェットのプロトコルについて九州大学の大川恭行先生にご講演頂く予定です。


(iv)対象者
転写サイクル領域の班員・班友・連携研究者、ならびに、その研究室の構成員。
PCの台数の都合上、参加者数は35名を上限とさせていただきます。

データ解析初心者を想定しております。
・未経験者からやり始めて間もない人、
・プログラムを書いたことないウェットの研究者、
・市販の解析プログラムに物足りなさを感じ次のステップへ進みたい人
を対象として想定しております。


(v)プログラム案
【1日目】3/6(木)
 12:30 受付開始
 13:00 トレーニングワークショップ開始
 13:00-13:30 オリエンテーション
 13:30-15:00 1. Linuxの基本操作
 15:10-16:40 2. ChIP-Seq解析ソフトウェアの利用法
 17:00-18:00 講演会1「転写関連ドライの研究紹介」(九工大・矢田哲士先生)
 19:00-21:00 懇親会(予定:のがみプレジデントホテル)

【2日目】3/7(金)
 09:00-10:30 3. R/Bioconductorの基礎
 10:40-12:10 4. BioconductorでChIP-peakの解析
 12:10-13:30 昼休み
 13:30-15:00 講演会2「ChIP-Seqウェットのプロトコルについて」(九大・大川恭行先生)

 15:00-16:00 全体を通しての質問
 16:00 終了

*今後、変更の可能性があります。


(vi)内容
1. Linuxの基本操作
・計算機端末室利用における注意事項
・Linuxの最低限の基礎
LinuxのシステムについてとLinuxコマンド(cd、ls、cp、mv、chmod、tar、emacs(vi)、grep、awk等、最低限のコマンド)
・ソフトウェアのインストールから実行まで(ソースのコンパイル、パス設定等)bowtie、MACS2等で実践

2.ChIP-Seq解析ソフトウェアの利用法
・GEO(SRA)からダウンロード
 〜(Quarity Check) FastQC等
 〜マッピング bowtie
 〜ピークコール MACS2

3.R/Bioconductorの基礎
・基本操作
・ファイル操作等
bed file等をRに読み込ませて、いろいろいじり倒す
・簡単なループや条件分岐
・bioconductorで良く使うもの(GenomicRanges、biomaRt等)

4.bioconductorでChIP-peakの解析
・ChIPpeakAnno...近傍の遺伝子をアノテーション
・rGADEM、cosmo、MotIV...de novoモチーフ検索(MEMEと同等)
(・DiffBind...複数のChIP-peakの比較)

5.講習会
(1)転写関連ドライの研究紹介(九工大・矢田先生)
(2)ChIP-Seqウェットのプロトコルについて(九大・大川先生)


(vii)費用
参加費無料。ただし懇親会費は別途(?\5,000程度)。
旅費・宿泊費は各研究室の自己負担。


(viii)宿泊
こちらで用意はいたしませんので、宿泊は各自、手配をお願いします。
・のがみプレジデントホテル
http://www.nogami-p-hotel.jp/

・新飯塚ステーションホテル
http://www.s-s-hotel.jp/


(ix)アクセス
九州工業大学飯塚キャンパス
〒820-8502 福岡県飯塚市680-4
http://www.iizuka.kyutech.ac.jp/public/access/

・JR博多駅よりお越しの方
JR博多駅(福北ゆたか線(篠栗行以外):快速で約40分・普通で約55分)
→JR新飯塚駅(スクールバス:約15分)→九州工業大学

・福岡空港よりお越しの方
(1)地下鉄・JR乗り継ぎ
福岡空港(福岡市営地下鉄:6分)→博多(駅構内徒歩)
→JR博多駅(福北ゆたか線(篠栗行以外):快速で約40分・普通で約55分)
→JR新飯塚駅(スクールバス:約15分)→九州工業大学

(2)西鉄バス直行便(1時間に1本)
福岡空港(西鉄バス直行便:約60分)
→新飯塚駅(スクールバス:約15分)→九州工業大学

*飯塚市内にはバスもございますが、九工大へのアクセスが非常に不便です。
新飯塚駅から九工大行きのスクールバスがございますのでご利用下さい。
新飯塚駅のキオスク(ミニコンビニ)で一回利用券を購入の上ご乗車下さい。
利用券を持っていないと乗車できませんので、ご注意ください。
ご利用の方は必ず以下のサイトを一度ご確認下さい。
http://www.iizuka.kyutech.ac.jp/school_bus/

なお、新飯塚駅からタクシー利用の場合、所要約10分、1,300円程度です。

キャンパスのマップは以下をご覧ください。
http://www.iizuka.kyutech.ac.jp/public/map/
ワークショップの会場(計算機端末室I(研究棟東棟8F E801、E802))は、
このマップの13番「研究棟」にあります。
玄関を入ってエレベータで8階まで上がってください。
降りて左手に進み左に曲がりつきあたりを右に曲がって最初のドアが端末室の入り口になります。


(x)参加申込方法
参加をご希望の方は、以下の参加申込書に情報をご記入の上、
1月31日(金)までに以下のメールアドレスにお送り下さい。
なお、1月31日(金)で一旦申し込みは締め切りますが、
人数(上限35名)に余裕があれば2月21日(金)まで申し込みを受け付けます。

申し込み、お問い合わせ先:tfcycle.kyutech@gmail.com

------ChIP-Seqデータ解析トレーニングワークショップ参加申込票-------------

氏  名 :
所  属 :
職位/学年:
住  所 :
電話番号 :
E-mail :

---------------------------------------------------------------------------------------------


新学術領域研究班 代表 山口 雄輝
トレーニングワークショップ担当 藤井 聡

2013-12-25

論文掲載

新しい論文が掲載されました

井上康志教授(公募班員・大阪大学)らによる金ナノダイマーのプラズモン効果を利用した転写制御因子によるDNA構造変化の解析法についての論文がACS Nanoに掲載されました。

http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/nn403625s

2013-12-24

その他のお知らせ

転写サイクルニュースレターVol. 1

公募班が加わってフル構成で本格始動した今年度、皆さんのご協力を得てようやく初のニューレターをリリースすることができました。特に編集を一手に引き受けて下さった椎名政昭さん(横浜市大)には心より感謝申し上ます。山口

ライト版(閲覧用)はここからダウンロードして下さい

高精細版(印刷用)はここからダウンロードして下さい

2013-12-18

班会議・シンポジウム

第1回トレーニングワークショップ開催のご報告

2013年12月17日〜18日、東京工業大学すずかけ台キャンパスにおいて第1回トレーニングワークショップ(ライブセル蛍光1分子イメージング)が開催されました。十川久美子准教授(計画班員・東京工業大学)と同研究室の深川暁宏助教や伊藤由馬学振特別研究員が指導役となり、8名の受講者(班員とその研究室メンバー)に対してみっちりしたハンズオントレーニングが行なわれました。座学の講義の後、TIRF法とHILO法を用いた1分子観察を見学しました。さらに取得したデータの解析に受講者自らが挑戦しました。最後には、各自が抱えている研究課題を題材とした総合討論を行ない、めいめいが研究のヒントを手にして帰宅の途に就きました。

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2013-12-13

アウトリーチ活動

出前授業を行いました

山口雄輝教授(計画班員・東京工業大学)が小山高専(栃木県)での出前授業を行いました。

2013-12-01

アウトリーチ活動

中学生・高校生へのアウトリーチ活動を行いました

高橋秀尚助教(公募班員・北海道大学)が北大理系応援キャラバン隊に参加し、北海道大学農学部講堂にて中学生・高校生を対象としたアウトリーチ活動を行いました。

2013-11-25

班会議・シンポジウム

「転写サイクル」セミナーのお知らせ

講  師:Prof. Cheng-Ming Chiang (UT Southwestern Medical Center at Dallas)

タイトル:Epigenetic Control of Chromatin-Dependent Transcription − Lessons from p53, AP-1, Brd4 and HPV

日  時:12月6日(金)16:30〜18:00

場  所:東京工業大学すずかけ台キャンパス B2棟2階B226講義室

問い合わせ先:生命理工学研究科 生命情報専攻・山口 雄輝

2013-11-12

論文掲載

新しい論文が掲載されました

藤井穂高准教授(公募班員・大阪大学)らによる、TAL蛋白質を用いたenChIP法を利用してテロメア結合分子を同定した論文がScientific Reportsに掲載されました。

Identification of telomere-associated molecules by engineered DNA-binding molecule-mediated chromatin immunoprecipitation (enChIP)

2013-11-09

アウトリーチ活動

出前授業

11月9日、山口教授(計画班員・東京工業大学)は星美学園高校の1、2年生に対して出前授業を行いました。

2013-10-31

アウトリーチ活動

模擬講義を行いました

原田昌彦准教授(公募班員・東北大学)が諏訪清陵高校(長野県)において模擬講義を行いました。

2013-10-31

班会議・シンポジウム

冬の若手ワークショップ 2014の開催要領

関係各位

皆様におかれましてはますますご清栄のこととお喜び申し上げます。

さて、今年も「冬の若手ワークショップ 2014」を転写研究会、新学術「転写代謝」領域、新学術「転写サイクル」領域の三者合同で開催する運びとなりました。つきましては参加申込等の詳細をご案内させていただきます。お忙しい時期とは存じますが、万障お繰り合わせの上ご参加下さいますようお願い申し上げます。また、本ワークショップは一般に開かれておりますので、興味を持たれそうな方が周囲にいらっしゃいましたら、本告知をご回覧いただけますと幸いです。


〜〜〜「冬の若手ワークショップ 2014」開催要領〜〜〜

日  時:2014年1月30日(木)午後から2月1日(土)午前まで(2泊3日)

会  場:舌切雀のお宿 磯部ガーデン
     〒379-0127 群馬県安中市磯部1-12-5
     TEL 027-385-0085
     http://www.isobesuzume.co.jp

参加費用:26,150円
    (内訳 宿泊費10,800円×2泊、2日目昼食代1,050円、2日目懇親会費3,500円)
     これは1日目の夕食から3日目の朝食までが含まれた2泊3日の金額です。
     一部しか参加できない方については、お申し出に基づき減額いたします。
     参加・発表申込書を受領後、支払額と支払方法を記したメールを返送いたします
     ので、事前に銀行振込にてお支払下さいますようお願い申し上げます。

プログラム概要:
     発表は学生、ポスドク、助教の方々を中心とした若手に限らせていただきます。
     口頭発表とポスター発表のいずれかとなります。
     口頭発表の持ち時間は1人あたり15〜20分を予定しています。
     ポスター発表は2日目の懇親会と同時進行で行います。
     プログラム案は以下の通りですが、変更の可能性があります。

    ● 1日目・1月30日(木)
      14:00〜17:30 口頭発表
      18:00〜19:00 夕食
      19:30〜21:00 口頭発表
      ホテル泊

    ● 2日目・1月31日(金)
      07:30〜09:00 朝食
      09:00〜12:00 口頭発表
      12:00〜13:00 昼食
      13:00〜17:00 口頭発表
      18:00〜23:00 懇親会+ポスター発表
      ホテル泊

    ● 3日目・2月1日(土)
      07:30〜09:00 朝食
      09:00〜12:00 口頭発表
      解散

宿  泊:舌切雀のお宿 磯部ガーデン
     施設の特性上、相部屋(6名程度)でのご宿泊をお願いいたします。
     個室をご希望の場合はお知らせください。かなりの追加料金が発生しますが、
     対応いたします。

アクセス:JR信越本線 磯部駅より徒歩5分。都心より1時間あまり。
     詳細はホテルのHPをご覧下さい。
     http://www.isobesuzume.co.jp/access/index.html

参加と発表の申し込み:
     参加をご希望の方は、切り取り線内にご記入の上、以下のアドレスにお送り下さい。
     発表をご希望の方は「要旨見本」に従って要旨を作成し、メールに添付して下さい。
     参加登録、発表申込とも2013年12月20日(金)を締め切りとさせて頂きます。
     参加登録、発表申込とも2013年12月27日(金)を締め切りとさせて頂きます。

お申し込み・お問い合わせ先:
     transcriptioncycle2@gmail.com

************************************** 切 り 取 り 線 **************************************

「冬の若手ワークショップ 2014」参加登録・発表申込書

氏  名:
氏名かな:
所  属:(PI以外の方は所属研究室までご記入ください)
職位/学年:
住  所:
電話番号:
性  別:男・女(部屋割のため)

(1)発表について
1つを選んで下さい。発表は学生、ポスドク、助教の方々を中心とした若手に限らせていただきます。
  ・口頭発表を希望する
  ・ポスター発表を希望する
  ・発表しない

(2)参加の範囲
全日程を通して参加できない場合、以下のうち参加できない部分を消して下さい。参加費を再計算いたします。
  ・1/30宿泊(1/30夕食と1/31朝食を含む)
  ・1/31昼食
  ・1/31宿泊(1/31夕食と2/1朝食を含む)

(3)その他のご要望(個室や相部屋の希望、食物アレルギー等)

************************************** 切 り 取 り 線 **************************************

2013-10-15

論文掲載

新しい論文が掲載されました

藤井穂高准教授(公募班員・大阪大学)らのenChIP法の開発についての論文がBiochem. Biophys. Res. Commun.に掲載されました。
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/23942116

2013年10月8日現在で、掲載誌中、過去90日間のダウンロードランキングで第1位となっています。
http://www.journals.elsevier.com/biochemical-and-biophysical-research-communications/

2013-10-03

アウトリーチ活動

高校生への研究紹介を行いました

十川久美子准教授(計画班員・東京工業大学)が10月3日、大阪府立大手前高校(スーパーサイエンスハイスクール)の生徒に対して東工大の見学受け入れとともに、研究紹介を行いました。

2013-10-01

班会議・シンポジウム

若手海外派遣:ミーティングレポート(H25-2)

本領域の総括班では、班員の研究室に所属する若手研究者や大学院生が海外の学会に参加して発表を行うことを支援しています。本制度を利用して、米国ニューヨークのCold Spring Harbor Laboratoryにおいて2013年8月27日から31日にかけて開催された転写のミーティング、Mechanisms of Eukaryotic Transcriptionに参加した大学院生、深澤力也さん(富山大学大学院医学薬学教育部 大熊芳明研究室)のミーティングレポートを以下に掲載します。


13th Mechanisms of Eukaryotic Transcription

Cold Spring Harbor Laboratory, 27-31 August, 2013

富山大学大学院医学薬学教育部 深澤 力也

 2013年8月27日から31日にかけて、米国New YorkのCold Spring Harbor LaboratoryにてMechanisms of Eukaryotic Transcription Meetingが開催されました。CSHと名の付く研究所ではありますが、実際のところ研究所の所在はコールド・スプリング・ハーバーに非ず、ローレル・ホローであるそうです。では、コールド・スプリング・ハーバーは何処かというと、研究所から見て海を挟んだ対岸を指すようで、港町でリゾート地だということで研究所から望む湾上にはたくさんのヨットが浮かべられていました。そのような静かで落ち着いた雰囲気のある研究所で、転写界をリードする方々の未発表データを含む興味深い発表を直接聞くことが出来、自分の英語力を差し引いても非常に充実した学会講演を聴くことが出来ました。

 Meetingは、1. Initiation Complexes、2. Activators and Co-activators、3. Signaling and Regulatory Complexes、4. Elongation, Pausing and Termination、5. The CTD and Post-initiation Events、6. Transcriptionally Active Chromatin、7. Repressive Chromatin、8. Genomics and Systems Biological Approachesというスケジュールで行われました。今回、特に多く発表されたテーマは、セッションの一つとして組まれていることからもPol II CTD修飾に関するゲノムワイドな解析という印象を受けましたが、他にもヒストンバリアントの一つ、H2A.Zに関する解析や、また、近年注目を浴びているSEC (Super Elongation Complex)の機能解析についてエキサイティングな発表がありました。Pol II CTD修飾はリン酸化に焦点を当てられることがほとんどですが、翻訳後修飾の一つであるO-グリコシル化を受け制御されるという発表は非常に興味深く感じました。Pol II CTDのO-グリコシル化に関する報告は1990年代前半になされたと私は認識していますが、これまでこの修飾が転写にどう関わるかは未知なままでした。そして、ここでモデルとして提唱されていたのは、非リン酸化型Pol IIがO-グリコシル化を受けることにより遺伝子プロモーター上へとリクルートされ、O-グリコシル化が外された後TFIIHによりCTDがリン酸化されることで転写開始へと導かれるというものでした。

 また、ヒストン修飾に関する発表の一つに、ヒストンH3のアルギニン残基が脱イミノ化され、ヌクレオソーム構造の変換に関わるというものがあり、主にメチル化に着目している自分にとってはとても新鮮な話に聞こえました。他にも、Stephen Buratowskiによる『CTDはPol II Rpb1に繋がれている必要はあるのか』という驚くような切り口には発想力の違いを見せつけられました。

 Denny Reinberg研で力を入れている転写抑制に関わるポリコーム複合体の機能解析も非常に興味深く感じました。この複合体の標的遺伝子上へのリクルートはコファクターとしてのJarid2やncRNA、そしてmammalianでは未同定でショウジョウバエでは同定されているPREが担っていると考えられていますが、詳しいメカニズムは明らかになっていません。今回彼らは、MAPキナーゼの一つであるErk2がポリコーム複合体をリクルートすると共に、その標的遺伝子上に存在するPol II CTDのリン酸化をTFIIHの代わりに担うというメカニズムを提唱していました。  私自身にとっては、4泊5日という日程で不慣れな英語まみれという状況に参った感は否めませんでしたが、まず転写というテーマだけでこのような大規模な学会を開くことが出来るということに、転写の重要性も含めて転写業界の広さを体感出来ました。同時に自身の勉強不足も痛感しましたが、様々な現象とのつながりを意識することが面白い発見につながると再認識させられました。また、私が着目しているメディエーター複合体に関しても予想以上に多くの発表がなされており、国際学会に参加することで改めて注目度の高さを実感できたと共に、同分野における研究競争の激しさに少なからず焦りも感じております。そして、沢山の研究者と出会い、コミュニケーションを図ることが出来、研究のみならず、様々な情報交換を行うことで私自身の幅を広げるきっかけを頂けたと感じております。

 最後になりましたが、今回、新学術研究領域転写サイクルの援助のおかげで大変貴重な経験をさせていただくことが出来ました。代表の山口先生および関係者の方々に深く感謝申し上げます。

2013-09-27

班会議・シンポジウム

若手海外派遣:ミーティングレポート(H25-1)

本領域の総括班では、班員の研究室に所属する若手研究者や大学院生が海外の学会に参加して発表を行うことを支援しています。本制度を利用して、米国ニューヨークのCold Spring Harbor Laboratoryにおいて2013年8月27日から31日にかけて開催された転写のミーティング、Mechanisms of Eukaryotic Transcriptionに参加した大学院生、鈴木詔大さん(北海道大学院 総合科学院 村上洋太研究室)のミーティングレポートを以下に掲載します。


Cold Spring Harbor Meeting: Mechanisms of Eukaryotic Transcriptionにて

鈴木詔大・北海道大学院総合科学院生物有機化学研究室(村上洋太研究室)

この学会は僕にとって初めての海外の学会だった。学会に行くことになった時、大丈夫だろうかという不安とアメリカに行けるという喜びが入り混じっていた記憶がある。学会に参加して第一印象に残ったことは参加者がみな議論やコミュニケーションに非常に積極的だとうことである。トーク発表での質疑応答ではもちろんのこと、ポスター発表でも非常に活発に議論していた。ポスター発表を見ているときに、演者に質問をすると答えた後になぜその質問をするのか、お前の研究はなんだと逆に質問を返されこともあった。他には、自分の研究に関係ありそうなポスターの人に名前を聞かれ自己紹介をすると"ああ、このポスターの人だろ?後で見に行く予定だからよろしく"と言われたり、日本とは違ったアグレッシブさに驚いた。もうひとつ驚いたのは、自分のポスターの前にその分野の有名人をわざわざ自分で連れてきて発表していたことだ。僕は学会を通して研究の世界はやはり競争であると感じた。しかし、真剣に議論しているとき、もしくは誰かが議論している姿を見たときなんてわくわくする素晴らしい世界だとも思った。僕は学会参加中に"実験がしたい"という気持ちが自分の中で大きくなっていったのを覚えている。もっとデータを増やし、技術と知識を身につけより深い議論ができるように精進しようと思う。

以下に面白いと思った発表をいくつか紹介したいと思う。

Title: Discovering Chromatin Regulations by Barcode Screens (Fred van Leeuwen Lab)

これは出芽酵母を使ったスクリーニングの研究である。まずヒストンH3のC端にHA tagを付けさらにその後ろに Cre recombinaseによりtagがT7に代わるようにゲノムに変異を入れる。

van_Leeuwen.png

G3 (Bethesda). 2013 Aug 7;3(8):1261-72.

このバックグランドを持った細胞をG1期で止める。この時、クロマチン上のH3はHA tagがついた状態になっている。Cre recombinaseでタグのスワッピングを行った後に細胞周期を動かす。HA-ChIPとT7-ChIPの行い細胞周期を回す前と後でのシグナルからクロマチン上のヒストンがどの程度入れ替わったのかがわかる。このバックグラウンドを持った出芽酵母と、mutation libraryを用いて各変異株でクロマチン上のヒストンがどの程度入れ替わったのかを計算する。さらにH3K79me1、H3K79me3のChIPも同時に行う。これらの結果により変異株でのヒストンの入れ替わりとヒストン修飾の拡散の様子が分かる。今回のスクリーニングではSAGA、Rtt109の変異体においてプロモーター領域のH3K79me3が野生株に比べて増加するというデータが得られていた。H3K79meはテロメアのサイレンシグと減数分裂期の細胞周期に関わるとされているが、今回のスクリーニングでSAGA、Rtt109がプロモーター領域のH3K79meの制御に関わっているということが分かった。しかし、具体的な分子メカニズムについてのデータはまだである。

Title: Erasing the CTD Code: New Mechanisms by which Ssu72 Regulates Pol2 (Aseem Z. Ansari Lab)

これは出芽酵母におけるRNA polymerase 2 (Pol2) のCTD (C-terminal domain) 制御に関する研究である。Pol2のCTDはYSPTSPSのリピート配列になっており、CTDのリン酸化の状態が転写の各ステップで変化することが知られている。例えば、Ser5、Ser7のリン酸化は転写の初期の段階で起き、Ser2のリン酸化は転写伸長の段階で起きる。発表タイトルにあるSsu72はSer7のホスファターゼである。Ssu72変異株ではORF上でSer7のリン酸化が野生株に比べ増加し、Ser2のホスファターゼが呼び込まれているにも関わらずSer2の脱リン酸化が起きないという表現型を示した。さらにSsu72変異株のnon-coding gene領域ではNrd1の3'側の局在が増加し、適切に転写終結が起きていない可能性を示した。これらのことからSsu72を介したSer7の脱リン酸化は転写が正確に起きるために必須で、さらにはPol2のCTDが正しく脱リン酸化されることによりPol2のリサイクルが可能になるのではないかと結論付けていた。

特に印象に残ったものをここで紹介したが、他にも面白いと思うものがたくさんあり、非常にいい刺激になった。また機会があれば参加してみたいと思う。最後に、このような素晴らしい機会を与えてくださった研究班に深く感謝いたします。ありがとうございました。

2013-09-20

その他のお知らせ

特命助教(ポスドク)募集のお知らせ。富山大院薬 大熊芳明研究室

富山大学 大学院医学薬学研究部 遺伝情報制御学研究室(大熊 芳明 教授)では特命助教もしくは博士研究員を募集しております。詳しくは下記ファイルをご参照ください。

特命助教(ポスドク)1名の募集.doc

2013-09-05

論文掲載

新しい論文が掲載されました

大熊 芳明教授(計画班員・富山大学)らによるメディエーター複合体のCDKサブユニットとエピゲノム修飾因子の相互作用に関する研究成果がJ. Biol. Chem.に掲載されま した。

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/23749998

2013-07-15

アウトリーチ活動

中学生・高校生へのアウトリーチ活動を行いました

高橋秀尚助教(公募班員・北海道大学)が北大理系応援キャラバン隊に参加し、北海道大学学術交流会館にて中学生・高校生を対象としたアウトリーチ活動を行いました。

2013-07-06

班会議・シンポジウム

転写サイクル合同班会議 2013(箱根)開催のご案内(7/26更新)

日程:2013年8月5日(月)〜8月7日(水)
場所 ホテルおかだ(箱根湯本)

  1. 会議での発表形式についてお知らせいたします。
    口頭発表...発表時間14分質疑応答4分 (スライドは英語、トークは日本語・英語のいずれか)
    ポスター発表...ポスターサイズ;幅 1 m x 縦1.8 m (英語で作成)
    ポスターにつきましては、上記のサイズであれば問題なく貼り付けることが可能ですが、場所によってはこれ以上のサイズ(幅)でも展示可能です。 上記のサイズを超えるポスター展示をご希望の方がおられましたら、予めご一報いただけますと幸いです。(seikagak(@マーク)yokohama-cu.ac.jp)
  2. 参加、宿泊登録は(株)JTB首都圏が代行いたします。リンクより申し込みフォームをダウンロードして下さい。「転写サイクル」H25班会議参加・宿泊申込書.pdf(7/18(木)締め切り)。必要事項をご記入の上、申込用紙に記載されております返信先に、電子メールかファックスにてご返信下さい(可能であれば研究室ごとに取りまとめていただけますと幸いです)。
  3. 今回の班会議では、真核細胞の転写制御研究をリードしておられるJoan Conaway (Stowers Institute for Medical Research)博士も参加し、特別講演をお願いすることとなりました。発表要旨は、英文で作成していただきたく、よろしくお願い致します。また、当日の班会議につきましても、使用スライドやポスターは、英文での作成をよろしくお願いいたします。尚、発表言語(トーク)につきましては、日本語か英語のいずれかと致します。
  4. 要旨集を作成いたしますので,研究代表者およびポスター発表を希望される方は、メールにて提出をお願いいたします。A4 1-2ページ,演題名,発表者氏名,所属,本文は研究目的、背景説明、研究経過等を中心に英文にて記載して下さい。作成はmicrosoft Wordを使用して下さい。 7月18日(木)締め切りです。
  5. 提出先:横浜市立大学・大学院医学研究科・生化学(seikagak(@マーク)yokohama-cu.ac.jp )
  6. 8月5日は午後1時30分開始の予定ですが、変更する場合がございます。詳細はプログラムが決まり次第アナウンスいたします。
  7. 共同研究者(スタッフ,ポスドク,学生)のご同道およびポスター発表をぜひお願いいたします。若手育成の重要な機会でもあります。ポスター発表を希望される場合は3.の要領で要旨をご準備いただき,提出をお願いいたします。

2013-07-01

その他のお知らせ

領域代表からのご挨拶

本日、平成25年7月1日付で、私は東京工業大学 大学院生命理工学研究科 生命情報専攻 生命情報医科学講座の教授を拝命いたしました。同講座の准教授からの昇進となります。

すべてが自分の実力だとは毛頭思っておりません。半田先生(東工大名誉教授)や和田先生(現 大阪大学教授)、永田先生(筑波大学学長)をはじめとする多くの方々との出会いや、その時々のちょっとした偶然の結果、現在の私があります。

1年前に新学術が採択されたのも、今回、教授に選ばれたのも、若くて、実績や知名度に乏しい私の未知の部分ー伸びしろーに対する期待があってのことだと思います。そうした期待を裏切らぬよう粉骨砕身、領域のため、そして研究の推進のため尽くして参りますので、今後とも皆さまのお力添えをよろしくお願い申し上げます。

山口 雄輝

2013-04-11

論文掲載

新しい論文が掲載されました

松本直通教授(計画班員・横浜市立大学)らの新しい研究成果がNature Geneticsに掲載されました。研究内容についてはプレスリリース「細胞内の"ごみ掃除"(自食)に関わる遺伝子の異常が知的障害を引き起こす 〜患者における突然変異の発見から〜」(http://www.yokohama-cu.ac.jp/amedrc/res/saitsu2013_02.html)をご覧ください。

2013-04-09

その他のお知らせ

平成25年度 若手海外派遣

本領域の総括班では若手支援活動の一環として、班員の研究室に在籍する若手研究者や大学院生に対して旅費等(航空券代、宿泊費、学会参加費等)を支給し、海外の学会(転写ならびに周辺領域をテーマとする主要な学会、たとえばCold Spring Harbor やKeystone、EMBL等)での研究発表の機会を提供します。

対  象:班員(計画班もしくは公募班の研究代表者もしくは分担者)の研究室に在籍する若手研究者や大学院生。本人が学会発表することを条件とします。 補助金額:1件あたり目安として上限25万円程度。

件  数:8件程度。

申請方法:参加したい学会の開催2ヶ月前まで(なるべく早期)に所定の申請書を以下のメールアドレスに送付して下さい。

送付先 :東京工業大学 大学院生命理工学研究科 山口 雄輝 (yyamaguc@bio.titech.ac.jp)

選考方法:年間の学会スケジュールを考慮の上、先着順とならないよう注意して選考いたします。選考は領域代表者にご一任下さい。

その他1:本支援を受ける方には支給に係る書類を作成・提出して頂きます。旅費等は精算払いとなります。

その他2:本支援を受ける方には帰国後、学会レポートを提出して頂きます。レポートは領域HPに掲載しますので、その旨ご承知下さい。

転写サイクル若手海外派遣申請書.doc

2013-04-08

その他のお知らせ

公募班員の決定

平成25〜26年度の公募班員18名が決定しました。それに伴い、研究組織のページを更新しました。

2013-02-14

その他のお知らせ

研究者(助教)募集

長崎大学医学部生化学教室では肝臓再生と関連したエピジェネティクスに興味を持ち、研究していただける研究者1名を募集しています。募集内容を以下のとおりです。

[勤務先]〒852-8523 長崎市坂本1丁目12番4号
長崎大学大学院 医歯薬学総合研究科
医療科学専攻 生命医科学講座 生化学

[対象者]博士号取得者

[研究プロジェクト]肝臓再生のエピジェネティクス

[待遇等]長崎大学大学院の助教(有期雇用3年間)

[応募方法]以下の資料をメールにて送付下さい。
1)履歴書(写真添付)
2)論文リスト
3)推薦者の方2名の連絡先

[応募締め切り] 平成25年3月10日
適任者がいない場合は延長

[資料送付先] E-mail: tito@nagasaki-u.ac.jp
長崎大学大学院 医歯薬学総合研究科
医療科学専攻 生命医科学講座 生化学
伊藤敬

2013-02-02

班会議・シンポジウム

若手ワークショップが開催されました

1月24日から26日にかけて、ホテル鬼怒川御苑(栃木県日光市)において若手ワークショップが開催されました(幹事:大徳浩照(筑波大学))。本ワークショップは、転写研究会、新学術『転写代謝システム』、新学術『転写サイクル』の3者共催で行われました。

発表は大学院生から助教クラスの若手を中心に行われました(口頭発表14題、ポスター発表41題)。参加者は70名を数え、質疑応答も活発に行われました。

2013-01-17

論文掲載

新しい論文が掲載されました

田村智彦教授(計画班員・横浜市立大学)らの新しい研究成果がBloodに掲載されました。研究内容についてはプレスリリース「体の免疫やがんの増悪化に関与する細胞 「単球」 のできる仕組みを解明!」をご覧ください。

2012-12-11

論文掲載

新しい論文(総説)が掲載されました

山口雄輝准教授(計画班員・東京工業大学)が執筆した総説がBiochim. Biophys. Acta.に掲載されました。転写伸長因子の働きに関する最新の知見をまとめたものです。詳しくはこちらからご覧ください。

2012-12-06

論文掲載

新しい論文が掲載されました

山口雄輝准教授(計画班員・東京工業大学)らのDNA-PKに関する研究成果がPLoS ONEに掲載されました。

http://www.plosone.org/article/info%3Adoi%2F10.1371%2Fjournal.pone.0050481

2012-11-13

アウトリーチ活動

出前授業を行いました

山口雄輝教授(計画班員・東京工業大学)が小山高専(栃木県)での出前授業を行いました。

2012-10-31

班会議・シンポジウム

班会議が開催されました

10月29日から30日にかけて、長崎大学において第一回班会議・キックオフミーティングが開催されました(幹事:伊藤敬(計画班員・長崎大学))。計画班員全員に加えて、各研究室のスタッフやポスドクも多数参加しました。アドバイザー(総括班研究協力者)の先生方にもご出席いただき、領域の方針を再確認することができました。

2012-10-30

アウトリーチ活動

出前授業を行いました

山口雄輝教授(計画班員・東京工業大学)が佐世保高専(長崎県)での出前授業を行いました。

2012-10-06

論文掲載

プレスリリース

山口雄輝准教授(計画班員・東京工業大学)らの新しい研究成果がCell Reportsに掲載されました。研究内容についてはプレスリリース「過剰な炎症反応を抑える仕組みを解明ー関節リウマチなど自己免疫疾患の病態が明らかにー」をご覧ください。

【補足】本プレスリリースは日本経済新聞やウェブメディアで取り上げられました。

2012-10-04

アウトリーチ活動

高校生への研究紹介を行いました

十川久美子准教授(計画班員・東京工業大学)が10月4日、大阪府立大手前高校(スーパーサイエンスハイスクール)の生徒に対して東工大の見学受け入れとともに、研究紹介を行いました。

2012-07-25

その他のお知らせ

博士研究員(ポスドク)募集

山口雄輝准教授(東京工業大学)の研究室では「転写サイクル」研究に従事するポスドク1名を募集します。詳細はこちらをご覧ください。

【補足】本募集は終了しました。多数のご応募ありがとうございました。

2012-06-28

その他のお知らせ

平成24年度科学研究費補助金(新学術領域研究)採択

山口雄輝准教授(東京工業大学)が領域代表者を務める新学術領域『高精細アプローチで迫る転写サイクル機構の統一的理解(略称:転写サイクル)』が採択されました。本領域は本年度から平成28年度まで続く予定です。

http://www.mext.go.jp/a_menu/shinkou/hojyo/1322878.htm